A Universidade Federal Rural da Amazônia, no exercício do então Reitor professor Doutor Tourinho, juntamente com o prefeito do município de Capitão Poço-PA, naquela ocasião o Sr. Francisco Gregório da Silva, levando em conta as necessidades prementes do município, com características predominantemente rurais, resolveram viabilizar a implantação da Unidade de Ensino da UFRA, inicialmente, com o curso de Agronomia por ser esta a demanda maior que se apresentava naquela ocasião como necessária ao desenvolvimento do município, com o objetivo de aproveitar a juventude ociosa e sem oportunidades de estudo da região. Para tornar concreta a referida proposta houve por parte da prefeitura de Capitão Poço, na pessoa do seu gestor, a assinatura do Termo de Doação de uma área para a Universidade Federal Rural da Amazônia (UFRA) Capitão Poço, através da Lei Municipal Nº 022/2006, de 28 de março de 2006, havendo, também, na ocasião a assinatura do convênio entre as partes, Convênio esse de Nº 02/2004 com a duração de dois (2) anos, cujo vencimento ocorreu em 15 de outubro de 2006. Apesar dos esforços empreendidos pelas partes, o curso iniciou com as precariedades próprias de um município carente de recursos e infra-estrutura, coincidindo com a problemática das Universidades Federais que se ressentiam de recursos. Em setembro de 2006, na gestão do atual Reitor Prof. Dr. Marco Aurélio Leite, a UFRA realizou concurso público, Edital nº 03 de 05 de maio de 2006 para suprir as necessidades da docência. Com o objetivo de melhorar as condições de ensino daquela unidade, foram encaminhados quatro (4) professores dos aprovados no referido concurso público, sendo dois (2) professores doutores: Maria Auxiliadora Feio Gomes e Alexandre Neto e dois (2) professores mestres: Marluce Santa Brígida e João Augusto Pereira Neto para servirem na Unidade de Capitão Poço. Através da Portaria Nº 922 de 18/09/2006, o Reitor nomeou dentre os quatro o Prof. João Augusto Neto como Diretor pró-tempore para dirigir aquela Unidade de Ensino, onde permaneceu nessa função até 30 de junho de 2007, ocasião em que ocorreu o processo eleitoral para escolha do Diretor daquela Unidade para o período de 4 anos, onde foi eleita a Prof. Maria Auxiliadora Feio Gomes. Durante o período de gestão do Prof. João Augusto, o prefeito que iniciou o processo de implantação dessa Unidade de Ensino já havia sofrido um processo de cassação de seu mandato, sendo substituído pelo atual Prefeito, Dr. Manoel Aladir Siqueira. Continuando esse processo por parte da UFRA sede, assume em 9 de julho de 2007, através da Portaria Nº 828/2007, do Magnífico Senhor Reitor a Profa. Dra. Maria Auxiliadora, a Direção da Unidade de Capitão Poço. O Campus de Capitão Poço da UFRA está situado em uma área aproximadamente de 23,5 hectares, onde cerca de 70% é destinado à experimentação de campo e aulas práticas. O campus possui uma biblioteca e mais seis laboratórios: Engenharia de Irrigação; Multiusuário de procedimentos e Experimentos químicos, físicos, bioquímicos e Físico-químico; Ecofisiologia Vegetal, Propagação de Plantas, Entomologia e Geociências; Multiusuários de Biologia; Anatomia e tecnologia da Madeira; e Informática.